Η χρήση των χρώσεων στηρίζεται στην αρχή ότι ορισμένα κυτταρικά συστατικά αφομοιώνουν καλύτερα τις χρωστικές ουσίες από άλλα. Έτσι δινεται η δυνατότητα μελέτης του σχήματος και των ανατομικών χαρακτηριστικών του κυττάρου και της διαφοροποιήσης των μικροοργανισμών.